وقعت المنظمة في عام 2017 اتفاقية مع وزارة الصحة تمكنها من الاستمرار في تنفيذ أنشطتها الخاصة بالمهاجرين وضحايا الاتجار بالبشر وكذلك السكان المحليين المستضعفين الذي لا يحصلون إلا على خدمات محدودة من نظام الرعاية الصحية الوطني، في المناطق المحيطة بمدينتي جرجيس وصفاقس الساحليتين.

ففي جرجيس، تقوم فرق أطباء بلا حدود المتنقلة بتوفير الدعم الصحي الطبي والنفسي في مركز الهلال الأحمر الواقع في مدنين، حيث قدمت 1,833 استشارة، علماً أن واحدة من أصل كل ثلاث استشارات كانت للنساء. قدمت الفرق المتنقلة أيضاً الدعم الطبي والصحي النفسي لمن تبقى من ساكني مخيم شوشة حتى تاريخ إجلائهم القسري الذي تم في يونيو/حزيران 2017 حيث نفذت ما مجموعه 109 استشارات. وكان المخيم قد افتتح على الحدود الليبية سنة 2011 لأولئك الفارين من الحرب الدائرة في بلادهم.

أما في صفاقس فتوفر فرق أطباء بلا حدود المساعدة الطبية والنفسية لضحايا الاتجار بالبشر والمهاجرين من مناطق إفريقيا جنوب الصحراء وغيرهم من الناس المستضعفين. كما تنفذ الفرق عمليات تدخل طارئ لمساعدة الناس القادمين إلى ميناءي صفاقس وجرجيس. هذا وتبرعت المنظمة بالأدوية ومستلزمات الطوارئ الطبية بما فيها السوائل الوريدية ومستلزمات التضميد والمحاقن الوريدية للسلطات في ولاية مدنين. كما دعمت المنظمة السلطات المحلية استجابةً لتفشيات التهاب الكبد A حيث مولت 7,200 لقاح لوزارة الصحة.  

وفي أكتوبر/تشرين الأول سلمت المنظمة أنشطتها لمنظمات محلية أخرى وأقفلت مشاريعها.