En 2017, MSF a signé, avec le ministère tunisien de la santé, un accord qui lui permet de poursuivre, près des villes côtières de Zarzis et Sfax, ses activités auprès des migrants, des réfugiés et des victimes de traite d'êtres humains, ainsi que les populations locales vulnérables qui ont peu accès au système de santé national.
À Zarzis, les équipes mobiles de MSF ont proposé une aide médicale et en santé mentale au centre du Croissant-Rouge à Médenine. Elles ont reçu 1'833 consultations, dont un tiers pour des femmes.
Elles ont aussi offert des soins médicaux et psychologiques aux derniers résidents du camp de Choucha jusqu'à leur expulsion forcée en juin 2017. Elles ont reçu au total 109 consultations dans ce camp ouvert en 2011 à la frontière libyenne pour accueillir les personnes fuyant la guerre en Libye.
À Sfax, MSF a fourni une aide médicale et psychologique aux victimes de traite d'êtres humains, migrants d'Afrique sub-saharienne et autres populations vulnérables. Les équipes ont porté secours aux personnes arrivant dans les ports de Sfax et Zarzis.
MSF a donné aux autorités du gouvernorat de Médenine, des médicaments et des kits médicaux d’urgence, comprenant entre autres des solutions intraveineuses, du matériel médical pour les pansements et des canules. MSF a soutenu le ministère de la Santé national lors d’une épidémie d'hépatite A, en finançant 7'200 vaccins.
En octobre, MSF a transféré ses activités à d'autres organisations et fermé ses projets.