أدى تدفق اللاجئين السوريين إلى مفاقمة تدهور الأوضاع الاقتصادية وحال البنية التحتية في البلاد وقد بدا ذلك واضحاً على قطاع الصحة. وتدعم وزارة الصحة اللبنانية مراكز الرعاية الصحية الأولية والثانوية استجابةً لاحتياجات اللاجئين السوريين. لكن رغم هذه الجهود تبقى تكاليف الاستشارات والفحوص المخبرية والأدوية عبئاً على كاهل عدد كبير من اللاجئين. وقد دفع هذا الواقع بمنظمة أطباء بلا حدود إلى استمرار توفير المساعدات الطبية للاجئين السوريين والسكان المحليين المستضعفين في لبنان.

تعمل طواقم أطباء بلا حدود في شمال لبنان وسهل البقاع وجنوب بيروت وصيدا حيث توفر خدمات رعاية طبية أولية مجانية عالية الجودة بما فيها علاج الأمراض الحادة والمزمنة وخدمات الصحة الإنجابية ودعم الصحة النفسية وأنشطة التوعية الصحية. كما تدير الفرق ثلاثة مراكز لرعاية الأمهات والأطفال في أرجاء البلاد.