مع تزايد عدم الاستقرار في المنطقة، تضطر منظمة أطباء بلا حدود وغيرها من المنظمات الإنسانية في نهاية المطاف إلى الخروج من شرق زائير بالكامل. وتشتبه منظمة أطباء بلا حدود في أن آلاف اللاجئين يعانون ويواجهون خطر الموت. وتقرر المنظمة إطلاق نداء لتدخل دولي مسلح والتحدث بشأن محنة السكان، والتنبؤ بكارثة صحية، إذا لم يُسمح لوكالات الإغاثة بالوصول.

في نوفمبر/تشرين الثاني 1996، أدى الهجوم الذي قاده تحالف القوى الديمقراطية لتحرير الكونغو - زائير والقوات الرواندية إلى إفراغ المخيمات في شرق زائير من سكانها. وأعيد بعض اللاجئين إلى رواندا وفر آخرون إلى الغابة المجاورة. تدين منظمة أطباء بلا حدود ظروف الإعادة إلى الوطن وتتهمها الصحافة بالتنبؤات "الكارثية" التي صدرت قبل بضعة أسابيع.

أخيرًا، سُمح لفرق أطباء بلا حدود بدخول جنوب كيفو، وهي مقاطعة في شرق زائير، حيث اكتشفت أن اللاجئين يتعرضون للذبح من قبل تحالف القوى الديمقراطية لتحرير الكونغو - زائير وحلفائه، لا سيما في منطقتي ماسيسي وشابوندا. أطباء بلا حدود تدرك أن فرقها تُستخدم كطعم من قبل تحالف القوى الديمقراطية لاستدراج اللاجئين للخروج من الغابات وقتلهم. 

يسيطر تحالف القوى الديمقراطية لتحرير الكونغو - زائير على كامل إقليم كيفو ويستمر اللاجئون في الفرار من تقدمهم السريع شرقًا عبر الغابة. تكافح أطباء بلا حدود للحفاظ على الوصول إلى اللاجئين وسط العنف والقيود والتهديدات لسلامة الفريق، بينما تتلقى تقارير مستمرة عن مذابح اللاجئين.

تكمل فرق البعثة الاستكشافية التابعة لأطباء بلا حدود تقاريرها حول زيارات ماسيسي وشابوندا. وتشكّل تفاصيل المقابر الجماعية والمجازر وحقيقة أن تحالف القوى الديمقراطية استخدم الفرق الإنسانية كطعم لاستدراج اللاجئين للخروج من الغابات صدمة في جميع مكاتب أطباء بلا حدود. وأعقب ذلك نقاش حول استخدام المعلومات التي تم جمعها: هل يجب نشرها أم لا؟

في مايو/أيار 1997، نشرت أطباء بلا حدود دراسة جديدة تصف تحركات اللاجئين في منطقة البحيرات العظمى في إفريقيا ومصير اللاجئين. وخططت أطباء بلا حدود لتوزيع التقرير على مجموعة صغيرة من الصحفيين، وطلبت منهم عدم ذكر أطباء بلا حدود كمصدر للمعلومات. ومع ذلك، فإن الافتقار إلى التواصل بين مكاتب أطباء بلا حدود ومع الفرق في الميدان، أدى إلى تفاقم التوترات.

منذ منتصف عام 1997، تحاول فرق أطباء بلا حدود العمل معًا مرة أخرى. وتنشر المنظمة دراسات بأثر رجعي تتعقب رحلة اللاجئين الروانديين عبر الغابة الزائيرية وتساهم بشهادة في التحقيقات الدولية حول انتهاكات حقوق الإنسان في المنطقة.