Dans la région centrale de Bafatá, MSF s’emploie à réduire la mortalité infantile, et gère les services de néonatalogie et de pédiatrie de l'hôpital régional, ainsi qu'un programme de nutrition pour les enfants de moins de 15 ans. Les équipes ont aussi soutenu quatre centres de santé en zone rurale et formé des soignants communautaires au diagnostic et au traitement de la diarrhée, du paludisme et des infections respiratoires aiguës ainsi qu'au dépistage et au triage des cas de malnutrition. Elles ont aussi géré un système de transports des patients. 

MSF a doublé le nombre de lits à l'hôpital régional pendant le pic saisonnier du paludisme et mis en œuvre pour la deuxième année consécutive une stratégie de chimioprévention du paludisme saisonnier (CPS) qui a touché 21'000 enfants à Bafatá. Grâce au travail de plaidoyer et aux initiatives de formation, des fonds ont été octroyés à la CPS dans d'autres régions du pays. 

À l'hôpital national Simao Mendes de Bissau, MSF a soutenu l’activité du service de soins intensifs pédiatriques et, dès septembre, a fourni 40 lits en soins intensifs néonatals. La collaboration étroite et fructueuse entre l'équipe et le personnel du service de pédiatrie et de la maternité du ministère de la Santé a permis de réduire les taux de mortalité infantile très élevés dans ces services, principalement à cause de la septicémie néonatale, des infections des voies respiratoires inférieures et du paludisme.