Depuis la reprise du conflit en décembre 2013, des dizaines de milliers de Sud-Soudanais sont morts et environ un tiers de la population du pays a dû fuir. Deux millions se sont réfugiés dans les pays voisins, deux autres millions sont déplacés dans leur pays. La sécurité est restée un enjeu majeur pour les humanitaires en 2017 : leurs installations ont été attaquées et travailler dans certaines zones est devenu de plus en plus dangereux. 

MSF gère des programmes de soins primaires et secondaires dans des hôpitaux et des cliniques, mène des activités de terrain pour les déplacés et communautés isolées, répond aux urgences et aux épidémies, et conduit des activités de prévention telles que des campagnes de vaccination.

Région du Haut-Nil

En 2017, MSF a mené une intervention nutritionnelle d'urgence suite au signalement de taux élevés de malnutrition dans les comtés de Mayendit et Leer, ravagés par des années de violent conflit. MSF a instauré un système pour que le personnel sud-soudanais accompagne les déplacés dans leur périple et continue ainsi de fournir des soins médicaux, y compris aux victimes de violence sexuelle.

MSF a continué d’offrir des soins primaires et secondaires à Lankien, notamment des traitements contre le kala-azar (leishmaniose viscérale), même si des combats ont contraint le personnel à évacuer plusieurs fois et forcé les civils à fuir dans la brousse. L'équipe est aussi intervenue lors d’une épidémie de choléra, en ouvrant un centre de traitement à Lankien et des points de réhydratation orale dans trois zones des environs. 

À Fangak, une zone isolée contrôlée par l'opposition, MSF gère les urgences, le bloc opératoire, le centre de nutrition en hospitalisation, les unités adultes et enfants, et la maternité de l'hôpital d'Old Fangak. En 2017, les équipes ont ouvert une clinique ambulatoire à Phom, une localité proche, et déployé des cliniques mobiles le long de la rivière Zéraf. 

À Pibor, MSF reste le seul prestataire de services médicaux aux Murle. L’équipe travaille dans un centre de soins primaires et deux dispensaires à Lekongole et Gumruk. Au plus fort de la crise nutritionnelle, les taux de malnutrition parmi nos patients étaient trois fois plus élevés en 2017 qu'en 2016. 
La clinique de MSF à Pibor a été attaquée deux fois en 2017, forçant l'équipe à suspendre ses activités. Des heurts violents ont aussi entraîné la fermeture de deux projets de MSF dans le Haut-Nil. 

Fin janvier, les combats entre forces gouvernementales et d'opposition à Wau Shilluk ont forcé les populations et le personnel de MSF à fuir. L'hôpital de MSF a été pillé et détruit, et l'équipe a évacué à Kodok, où elle a continué d’offrir des soins aux personnes qui avaient fui. 

En avril, Kodok a aussi été attaquée. Le personnel et les patients ont fui avec la population locale à Aburoc. Là, l'équipe a installé un hôpital de campagne, répondu à une épidémie de choléra dans le camp de fortune et porté secours aux communautés isolées en décentralisant les soins.

Vers la fin de l’année, après des combats et de nouveaux déplacements, MSF a commencé à gérer des cliniques sur des bateaux pour desservir les villages isolés le long des rivières Akobo et Pibor, où les structures de santé sont rares. MSF déploie toujours son modèle décentralisé de soins primaires pour atteindre le plus de personnes possible dans ces communautés éparpillées. 

MSF collabore toujours avec le ministère de la Santé pour gérer une clinique dans la ville de Mayom, où l’équipe a offert des soins primaires et d'urgence ainsi que des traitements contre le VIH et la tuberculose (TB).

Sites de protection des civils (PdC) 

MSF fournit toujours des soins médicaux dans les sites de PdC de l'ONU. Ces sites temporaires ont été créés pour protéger les populations qui tentaient d'échapper aux violences en décembre 2013. Quatre ans plus tard, des centaines de milliers de personnes restent piégées dans un environnement hostile et insalubre, où les conditions de vie sont bien en deçà des normes acceptables. 

Soins secondaires, services de chirurgie et prise en charge des victimes de violence sexuelle sont disponibles dans l'hôpital de 160 lits de MSF à Bentiu. Ce site de PdC, le plus grand du pays, compte plus de 110'000 personnes. 

Au site de PdC de Malakal, qui abrite environ 25'000 personnes, MSF offre des soins secondaires et des services en santé mentale. L’équipe gère aussi un hôpital dans la ville de Malakal et a commencé à offrir des soins aux communautés isolées des environs.

Région de l'Équatoria

Autour de mi-2016, la nouvelle ligne de front a atteint la région de l'Équatoria et des centaines de milliers de personnes ont été déracinées par la violence. L'insécurité a empêché MSF d’accéder partout pour répondre aux immenses besoins humanitaires des déplacés, notamment autour des centres urbains, théâtres d'intenses combats entre forces gouvernementales et d'opposition. 

De plus, le personnel de MSF en service à Yei le 4 janvier a été arrêté par les forces armées sud-soudanaises. Deux membres ont été libérés le 27 janvier et les quatre autres, le 31 mars. Cet incident a soulevé de vives inquiétudes car les soignants concernés travaillaient dur pour apporter des soins vitaux aux populations dans le besoin. MSF a toutefois maintenu son engagement et ses activités dans cette zone. L'équipe de Yei offre des soins de base dans deux cliniques de la ville. 

À Mundri, l'équipe de soins primaires se concentre sur la santé maternelle et infantile et sur des soins communautaires aux victimes de violence sexuelle. À Yambio, l'équipe poursuit son programme VIH « tester et traiter » et ses cliniques mobiles pour les déplacés.

Région du Bahr el Ghazal

En mars, MSF a fermé ses cliniques mobiles de Wau et alentours car d’autres organisations lançaient des activités médicales dans cette zone ravagée par le conflit.

Le personnel de MSF gère l’unité de pédiatrie et la maternité à l’hôpital de l’État d’Aweil, où le paludisme reste la principale cause d’admission. Les équipes aident aussi cinq structures de santé à dépister et traiter la maladie pendant la saison des pluies.

Région sous statut administratif spécial d’Abiyé

À Agok, MSF gère le seul hôpital de référence de la zone offrant des soins primaires et secondaires, y compris de la chirurgie, à une population de plus de
140’000 habitants. En raison du besoin accru de soins spécialisés, MSF a commencé à remettre en état et à agrandir cet hôpital. Le nouveau service d’hospitalisation, qui devrait être terminé mi-2018, pourra accueillir plus de 140 hospitalisés.

Réfugiés soudanais

MSF travaille toujours dans les camps de réfugiés soudanais. À Yida, l’équipe gère une unité d’hospitalisation, un centre de nutrition en hospitalisation, une unité de néonatalogie et une unité de traitement du VIH et de la TB.

À Doro, MSF a construit un nouvel hôpital, et ainsi amélioré la prise en charge des patients et la lutte contre les infections. L’équipe a mené une campagne de vaccination de masse et des pulvérisations pour réduire l’incidence du paludisme.

De plus, MSF a offert des soins ambulatoires et des vaccinations à 21’000 Sud-Soudanais vivant dans la localité toute proche de Maban. L’équipe a étendu ses activités de vaccination aux zones voisines aux mains de l’opposition.