En Malaisie en 2017, MSF a géré 51 cliniques mobiles pour les réfugiés, reçu au total 4'862 consultations et référé 893 patients vers des services de soins secondaires, notamment obstétrique d'urgence, néonatalogie, et prise en charge des traumatismes dus aux accidents du travail ou de la vie quotidienne, de la tuberculose et des maladies non transmissibles. Environ 65% des patients traités étaient des réfugiés non enregistrés, principalement des Rohingyas, que la précarité du statut juridique prive souvent d'accès aux soins. En 2018, MSF ouvrira une clinique fixe de soins primaires dans un quartier de Penang où se sont installés des migrants de nombreux pays. 

Depuis début 2017, MSF propose des examens médicaux et consultations ambulatoires aux victimes de trafic d'êtres humains dans des abris du gouvernement. L'équipe a distribué des kits d'hygiène et organisé des sessions d'éducation à la santé. Les 297 victimes bénéficiaires de ces services venaient de Thaïlande, Cambodge, Vietnam, Indonésie, Chine, Myanmar, Malaisie, Népal, Bangladesh et Philippines. 

À Langkawi, un site connu de débarquement de migrants, MSF a tissé un réseau solide avec diverses communautés de pêcheurs et les autorités locales. L’équipe peut ainsi mieux intervenir en urgence à l'arrivée de bateaux de migrants. Deux sessions de formation ont été organisées pour les pêcheurs. 

MSF intervient aussi sur l'accès à la protection. L'agence des Nations Unies pour les réfugiés (HCRNU) restreint les demandes d'asile par groupes ethniques du Myanmar, soit 90% des demandeurs d'asile en Malaisie. Un nombre limité d'ONG peut déposer des demandes auprès du HCRNU selon un ensemble supplémentaire de critères de vulnérabilité. En 2017, MSF a soumis 439 demandes de ce type, soit 31% de toutes les demandes reçues par l'agence au niveau national.