En 2016, MSF se asoció con una organización local, Likhaan, para ofrecer servicios de salud sexual y reproductiva en dos distritos densamente poblados y empobrecidos de Manila: Tondo y San Andrés. En el caso de Tondo, en 2017 el proyecto conjunto se mudó a una clínica más grande. Entre las dos clínicas, se atendió una media de 1.380 consultas mensuales.
Este programa incluyó servicios de planificación familiar y atención a víctimas de violencia sexual, así como diagnóstico y tratamiento del cáncer de cuello uterino. En colaboración con Likhaan y las autoridades locales de salud de Manila, MSF también vacunó a más de 23.000 niñas contra el virus del papiloma humano, responsable de este tipo de cáncer.
Desde junio, MSF ofreció también primeros auxilios psicológicos y actividades de agua, saneamiento e higiene a las personas desplazadas por el conflicto entre el Ejército y dos facciones leales al Estado Islámico, el Grupo Maute y Abu Sayyaf. Esta intervención se desarrolló en la ciudad de Marawi (en la región de Mindanao), donde hay más de 370.000 desplazados. Los primeros auxilios psicológicos beneficiaron a más de 11.500 personas y se distribuyeron 1.500 kits de higiene y 1.150 bidones de agua. Cuando la ciudad fue sitiada a finales de octubre, MSF permaneció en la zona para ayudar a los desplazados y los retornados.