Le 22 décembre 1971, un groupe de médecins et journalistes crée l'association Médecins Sans Frontières (MSF). Les uns ont été marqués par leur expérience au Biafra, les autres se situent dans la mouvance du journal médical Tonus qui lance un appel aux médecins pour porter secours aux victimes d'inondations au Pakistan oriental. Ils décident de créer une organisation médicale d’urgence libre de parler et d'agir selon ses valeurs : indépendance, neutralité et impartialité.

La première mission de MSF en 1972, se déroule à Managua, la capitale du Nicaragua suite à un tremblement de terre qui a détruit la majeure partie de la ville et a tué entre 10 000 et 30 000 personnes.

En 1984, la famine ravage le nord de l’Éthiopie. MSF envoie de façon massive de la nourriture, des médicaments, des tentes et des couvertures aux populations locales, mais le gouvernement éthiopien détourne une partie de l’aide vers le sud, où les populations sont transférées de force. Les équipes de MSF sont entravées dans leurs actions par des interdictions de tous ordres.

Fin octobre 1985, après avoir essuyé plusieurs refus d’autorisation pour l’ouverture d’un centre de nutrition thérapeutique destiné à des milliers d’enfants, MSF dénonce publiquement cette interdiction et le détournement de l’aide par le gouvernement. La réaction des autorités est brutale : en décembre, MSF est expulsée d'Éthiopie. La famine n'est pas éteinte, les déplacements de populations continuent.

Les équipes de MSF sont présentes dans la quasi-totalité des préfectures du Rwanda lorsque les massacres commencent. Suite au meurtre de plus de 800 000 tutsis et hutus opposés aux massacres, MSF assiste au massacre des patients et des membres du personnel, elle prend une décision sans précédent et demande une intervention militaire internationale.

Dès juillet 1994, des centaines de milliers de réfugiés hutus fuient le Rwanda vers la RDC. Des opérations d’assistance humanitaire se mettent en place pour venir en aide aux réfugiés. La situation dégénère à partir de 1996.

En l’espace de quelques semaines, la situation politico-militaire des Nord et Sud-Kivu change radicalement. Les villes de la région tombent les unes après les autres et près de 40 camps de réfugiés sont attaqués et pillés autour des villes de Goma, Bukavu et d’Uvira.

MSF dénonce publiquement les massacres et l’utilisation des organisations humanitaires comme appâts pour attirer les réfugiés et les éliminer. L’essentiel du travail de l'équipe de MSF se situait en marge des affrontements et des massacres, notamment dans des camps de réfugiés et des centres de santé plus ou moins éloignés des zones de combats.

Lors de la remise du Nobel à Oslo, James Orbinski, alors président de MSF, dénonce publiquement les exactions de l'armée russe en Tchétchénie. Depuis le début des opérations dans ce pays, Moscou interdit à MSF de se rendre à Grozny, la capitale tchétchène.

L'argent reçu du Nobel permettra de donner officiellement naissance à la Campagne d'accès aux médicaments essentiels (CAME) la même année. La CAME se donne pour objectif de contribuer à la production de médicaments qui ne sont plus fabriqués, à les rendre accessibles et à stimuler la recherche et le développement de traitements contre les maladies négligées.

MSF commence à traiter les personnes séropositives avec une thérapie antirétrovirale dans sept pays.

La première équipe MSF arrive dans les 72 heures suivant la catastrophe, le 26 décembre 2004 et des évaluations humanitaires sont menées en Indonésie, en Malaisie, en Inde, au Myanmar, au Sri Lanka et en Thaïlande. Après cela, MSF estime que les besoins médicaux sont limités, la catastrophe a fait énormément de morts et peu de blessés. Les structures sanitaires sont quasi intactes et prennent en charge les survivants. Médecins Sans Frontières décide alors de stopper son appel aux dons, créant la controverse.

Le 11 juillet 2013, trois membres du personnel MSF qui procédaient à une évaluation de la situation sanitaire, ont été enlevés à Kamango, dans le Nord-Kivu. Depuis, ils sont portés disparus. MSF continue de les rechercher.

En début de l’année 2014, une épidémie d’Ebola frappe l’Afrique de l’Ouest. MSF en première ligne, intervient rapidement dans les pays les plus affectés. On dénombre près de 29 000 cas d’Ebola et plus de 11 000 morts enregistrés dans les pays touchés d'Afrique de l'Ouest. C’est l’épidémie d’Ebola la plus meurtrière depuis la découverte du virus en 1976.

Le 3 octobre 2015, à Kunduz en Afghanistan, l’hôpital de traumatologie de MSF est bombardé par erreur par la coalition américaine. Cette attaque coûte la vie à 42 personnes, dont 24 patients, 4 accompagnateurs et 14 membres du personnel de MSF, auxquels s’ajoutent 37 blessés.

La dixième épidémie de la maladie à virus Ebola en RDC a débuté en août 2018, concentrée à Mangina dans la province du Nord-Kivu, avant de se propager au cours des mois suivants dans les villes de Beni et Butembo, ainsi que dans la province voisine de l’Ituri. Quelques cas ont également été enregistrés à Goma en juillet 2019 et au Sud-Kivu en août 2019. L'épidémie ne s'arrête qu'en 2020, et est suivie d'une nouvelle flambée de cas dans la province d'Équateur.

Les équipes de MSF actives dans ces coins se sont investies dans l’offre de soins gratuits aux patients dans les centres de traitement et de transit d’Ebola, ont participé à la vaccination et ont engagé les communautés dans des activités de promotion de la santé.

Elle est reconnue comme la pire épidémie de rougeole sévissant dans le monde par l’OMS. Les équipes de MSF ont été déployées dans une douzaine de provinces de la RDC pour les campagnes massives de vaccination.

Plus de 400.000 enfants ont été vaccinés contre la rougeole dans tout le pays.

En début 2020, une épidémie d'un nouveau coronavirus se transforme en pandémie mondiale. Les équipes de MSF s'efforcent de garantir l'accès aux soins de santé pour les personnes et de répondre à cette pandémie, à la fois dans les pays dans lesquels nous travaillons et dans les pays où nous n'avons jamais eu à répondre auparavant.

Le premier cas covid a été enregistré en RDC le 10 mars 2020. Dans l’ensemble de nos projets, les équipes MSF ont amélioré les mesures de prévention et de contrôle des infections afin de protéger les patients comme le personnel et de limiter la propagation du nouveau coronavirus. Toutes les 26 provinces sont actuellement touchées depuis la flambée de cas en juin 2021.

Après l’éruption du mont Nyiragongo en 2002, ce volcan situé à quelques kilomètres de la capitale provinciale du Nord-Kivu est entré de nouveau en éruption le 22 mai 2021, jetant des centaines de milliers de personnes sur les routes, fuyant la menace de nouvelles coulées de lave. 

Au cours des quatre premiers jours d’intervention, MSF a mis en place une capacité de stockage de 243 000 litres d’eau potable, des toilettes ont été construites et des distributeurs de chlore installés. En appui au Ministère de la Santé, MSF améliore l'accès aux soins de santé.