MSF gère des programmes dans plusieurs régions du pays pour améliorer l'accès des plus vulnérables aux soins.

Ansongo

À Ansongo, dans la région de Gao, à l'est du Mali, MSF soutient, depuis 2012, plusieurs départements de l'hôpital de référence, et fournit consultations ambulatoires, services d'urgence et admissions, chirurgie, soins maternels, traitement des maladies chroniques, nutrition, néonatologie, pédiatrie, ainsi que traitement et soutien psychologique aux victimes de violence, y compris sexuelle. Une autre équipe offre des soins de base aux femmes enceintes et aux enfants de moins de cinq ans au centre de santé communautaire de la ville.

Dans le district d'Ansongo, MSF oriente les patients vers les centres de santé communautaires et transfère les cas graves à l'hôpital de Gao. De juillet à décembre, les nomades migrent. Les équipes veillent à ce qu'ils aient accès aux soins en formant des soignants communautaires au diagnostic et au traitement des maladies les plus courantes. Un système de suivi et de transport des cas graves est aussi en place.

Kidal 

À Kidal, au nord de Gao, MSF soutient six centres de santé de la ville et des environs, en partenariat avec les autorités locales. Les équipes offrent des soins primaires à l'ensemble de la population ainsi qu'une surveillance épidémiologique, et réfèrent les cas compliqués au centre de santé de référence (CSRef) et à l'hôpital de Gao. 

À Douentza, MSF aide le CSRef pour la prise en charge de la malnutrition, la chirurgie d'urgence, les admissions d'enfants de moins de 15 ans et les services en santé mentale. MSF oriente aussi les patients vers le CSRef et transfère les cas urgents dans la ville de Mopti.

À Koutiala, au sud du pays, MSF se concentre sur les enfants de moins de cinq ans. L’équipe soutient les services de nutrition au CSRef et dans 15 centres de santé communautaire. Elle déploie des soignants communautaires supplémentaires dans ce district de santé pendant le pic saisonnier du paludisme. MSF construit aussi une unité pédiatrique de 185 lits au CSref de Koutiala.

À Ténenkou, MSF cible les femmes en âge de procréer et appuie la maternité, le bloc opératoire et le service ambulatoire du CSRef. MSF déploie aussi des « Agents Palu », chargés du paludisme dans les communautés isolées pendant le pic saisonnier (août à novembre), et des cliniques mobiles proposant des soins de base.

Équipe d'intervention d'urgence au Sahel

Une équipe mobile d'urgence, composée d'experts médicaux, paramédicaux et de logisticiens, est en place depuis 2015 au Sahel. Elle surveille la situation épidémiologique et intervient dans les 24 à 48 heures en cas d'urgences médicales et humanitaires dans la région, principalement au Niger mais aussi au Mali.