Malgré l'instabilité et le conflit en cours, la Libye est restée une destination pour les travailleurs émigrés de tout le continent africain et un pays de transit pour les migrants, demandeurs d'asile et réfugiés tentant de traverser la Méditerranée pour atteindre l'Europe. 

En 2017, MSF a fourni une aide médicale aux migrants et réfugiés détenus arbitrairement dans des centres censés être contrôlés par le ministère de l'Intérieur. La plupart des pathologies étaient dues aux conditions de détention, surpeuplement, manque de nourriture et d'eau potable, nombre insuffisant de toilettes, entraînant infections respiratoires, douleurs musculo-squelettiques, dermatoses telles que la gale, et maladies diarrhéiques.

MSF a publiquement appelé la Libye à mettre fin à la détention arbitraire, qualifiée de néfaste et abusive, des migrants et réfugiés. MSF a dénoncé les politiques migratoires des gouvernements européens qui visent à fermer hermétiquement la côte libyenne et à « contenir » les migrants, demandeurs d'asile et réfugiés dans un pays où ils sont exposés à une violence et une exploitation extrêmes et généralisées.

À Tripoli, MSF a reçu 17'219 consultations médicales et adressé 470 patients à des structures de soins secondaires. En octobre et novembre, une hausse massive du nombre de détenus a encore aggravé le surpeuplement et la détérioration des conditions de vie dans les centres. La pression s'est relâchée en décembre, lorsque l'Organisation internationale pour les migrations a rapatrié des milliers de personnes. 

À Misrata, MSF a apporté son soutien à l'hôpital principal pour améliorer le contrôle des infections et intensifié sa réponse aux besoins des migrants et réfugiés dans cette zone. Les équipes médicales ont commencé à travailler dans cinq centres de détention à Misrata, Khoms et Zliten, où elles ont reçu au total 1'351 consultations et orienté 49 patients pour des soins supplémentaires. 

La plupart des migrants et réfugiés de Libye vivent hors des centres de détention et, comme les communautés locales, sont victimes de la détérioration du système de santé publique, qui manque de médicaments et de personnel. À Misrata, MSF a ouvert une clinique ambulatoire qui propose des soins primaires gratuits et oriente des patients de tous âges et nationalités vers d'autres structures. 

Depuis mi-2017, MSF travaille aussi dans la ville de Bani Walid, réputée être un grand centre de transit pour contrebandiers et trafiquants. En partenariat avec une organisation locale, MSF a secouru les personnes qui ont réussi à s'échapper des lieux où elles étaient détenues par des réseaux criminels. Beaucoup avaient été enlevées contre rançon, extorquées et soumises à la torture. L'équipe a assuré 479 consultations médicales et orienté 24 patients vers des hôpitaux de Misrata et Tripoli.

À l'est du pays, MSF a géré une clinique à Benghazi, en collaboration avec une ONG libyenne, et a offert des consultations pédiatriques et gynécologiques aux déplacés et aux populations vulnérables, ainsi qu’un soutien en santé mentale aux enfants et familles affectées par des traumatismes et la violence. MSF a mis fin à son appui aux hôpitaux d'Al Abyar et Al-Marj en 2017 suite à la baisse du nombre de patients.