MSF collabore avec le ministère de la Santé et a soutenu près de 11'000 séropositifs au VIH en 2017. Le projet propose le dépistage, le traitement et le suivi du VIH, ainsi que des actions de promotion de la santé dans six structures de Conakry, la capitale. À l’hôpital de Donka, MSF soutient aussi depuis décembre 2016 une unité de soins spécialisés de 31 lits pour les personnes atteintes du sida.

Le paludisme, très endémique, est la principale cause de mortalité à Kouroussa, au nord-est de la Guinée. En 2017, MSF y a ouvert un nouveau projet pour mettre au point des modèles de soins communautaires ciblant les enfants de moins de cinq ans, et adaptés à cette zone rurale. MSF soutient actuellement l’hôpital de la préfecture et cinq centres de santé. L’équipe améliore l’accès aux soins en formant des soignants communautaires à diagnostiquer et traiter des formes simples de maladies telles que le paludisme, les diarrhées et la malnutrition, et à identifier les cas à référer vers d’autres structures.

Le projet en Guinée maintient sa pleine capacité d'intervention d’urgence, notamment en cas d’épidémies et de catastrophes naturelles. En mars 2017, MSF a collaboré avec le ministère de la Santé pour organiser la lutte contre une épidémie de rougeole dans les cinq communes de Conakry, et vacciné plus de 650'000 enfants âgés de six mois à 10 ans.