Malgré l'accord de paix signé entre le groupe rebelle des FARC et le gouvernement, des civils sont piégés dans une spirale de violence. Des organisations criminelles, des anciens combattants des FARC ayant refusé de se démobiliser, et des guérilleros de l'ELN se disputent encore d'importantes parties du territoire colombien.

L'équipe d'urgence de MSF a aidé les déplacés dans les départements de Chocó, Antioquia, Guaviare et Caquetá. Lors d’un glissement de terrain à Mocoa, dans le département de Putumayo, qui a fait environ 300 morts et des centaines de disparus, elle a soutenu l'hôpital local et offert des soins primaires. 

MSF gère toujours ses programmes en santé mentale à Tumaco et Buenaventura, et apporte un soutien psychologique aux victimes de violences perpétrées par le crime organisé et les groupes armés. En 2017, 9'097 consultations en santé mentale ont été menées. De plus, à Buenaventura, 808 personnes ont sollicité un soutien psychologique via le service d'écoute téléphonique gratuit et confidentiel de MSF. Les équipes ont aussi renforcé les services fournis aux différentes communautés.

Au total, 227 victimes de violence sexuelle à Tumaco et 296 à Buenaventura ont bénéficié de soins médicaux, et MSF a apporté son soutien aux femmes qui devaient interrompre leur grossesse. Malgré une législation ouverte, ces femmes ont encore des problèmes d'accès à une aide médicale sûre. 

Après 50 ans de guerre, plus de 126'000 personnes sont portées disparues. MSF a ouvert un projet d'aide psychologique aux membres des familles de victimes de disparitions forcées. Il est basé à Puerto Asís, dans le département de Putumayo, et à Cali, dans celui de Valle, où respectivement près de 500 et 3'000 personnes sont portées disparues. Depuis août et septembre, les équipes ont assuré plus de 300 consultations individuelles en santé mentale et 160 sessions de groupe.